کان أبو عبد الله (ع) یدعو عند قراءة کتاب الله عز وجل:
"اللهم ربنا لک الحمد أنت المتوحد بالقدرة والسلطان المتین، ولک الحمد أنت المتعالی بالعز والکبریاء وفوق السماوات والعرش العظیم، ربنا ولک الحمد أنت المکتفی بعلمک، والمحتاج إلیک کل ذی علم، ربنا ولک الحمد یا منزل الآیات والذکر العظیم، ربنا فلک الحمد بما علمتنا من الحکمة والقرآن العظیم المبین.

اللهم أنت علمتناه قبل رغبتنا فی تعلیمه، واختصصتنا به قبل رغبتنا بنفعه، اللهم فإذا کان ذلک منّاًَ منک وفضلاً وجوداً ولطفاً بنا ورحمة لنا وامتناناً علینا من غیر حولنا ولا حیلتنا ولا قوتنا، اللهم فحبب إلینا حسن تلاوته وحفظ آیاته وإیماناً بمتشابهه وعملاً بمحکمه وسبباً فی تأویله وهدىً فی تدبیره وبصیرة فی بنوره، اللهم وکما أنزلته شفاءاً لأولیائک وشقاءاً على أعدائک وعمى على أهل معصیتک ونوراً لأهل طاعتک اللهم فاجعله لنا حصنا من عذابک وحرزاً من غضبک وحاجزاً عن معصیتک وعصمتاً من سخطک ودلیلاً على على طاعتک نوراً یوم نلقاک، نستضیء به فی خلقک ونجوز به على سراطک ونهتدی به إلى جنتک.

اللهم إنا نعوذ بک من الشقوة فی حمله والعمى عن عمله والحور عن حکمه والعلو عن قصده والتقصیر دون حقه.

اللهم احمل عنا ثقله، وأوجب لنا أجره، وأوزعنا شکره، واجعلنا نراعیه ونحفظه، اللهم اجعلنا اجعلنا نتبع حلاله ونجتنب حرامه ونقیم حدوده ونؤدی فرائضه. اللهم ارزفنا حلاوة فی تلاوته ونشاطاً فی قیامه ووجلاً فی ترتیله وقوة فی استعماله فی آناء اللیل وأطراف النهار، اللهم واشفنا من النوم بالیسیر، وأیقضنا فی ساعة اللیل من رقاد الراقدین، ونبهنا عند الاحایین التی یستجاب فیها الدعاء من سنة الوسنانین، اللهم اجعل لقلوبنا ذکاء عند عجائبه التی لا تنقضی ولذاذةً عند تردیده وعبرةً عند ترجیعه ونفعاً بیناً عند استفهامه.

اللهم إنا نعوذ بک من تخلفه فی قلوبنا وتوسده عند رقادنا ونبذه وراء ظهورنا، ونعوذ بک من قساوة قلوبنا لما به وعظتنا.

اللهم انفعنا فیما صرفت فیه من الآیات، وذکرنا بما ضربت فیه من المثلات، وکفر عنا بتأویله السیئات، وضاعف لنا به جزاءاً فی الحسنات، وارفعنا به ثواباً فی الدرجات، ولقنِّا به البشرى بعد الممات، اللهم اجعلنا لنا زادا تقوینا به فی الموقف بین یدیک وطریقاً واضحاً نسلک به إلیک وعلماً نافعاً نشکر به نعمائک وتخشعاً صادقاً نسبح به أسمائک ، فإنک اتخذت به علینا حجة قطعت به عذرنا، واصطنعت به عندنا نعمة قصر عنها شکرنا.

اللهم اجعله لنا ولیاً یثبتنا من الزلل ودلیلاً یهدینا إلى صالح العمل وعوناً هادیاً یقومنا من المیل وعونا یقوینا من الملل، حتى یبلغ فینا أفضل الأمل.

اللهم اجعله لنا شافعاً یوم اللقاء وسلاحاً یوم الارتقاء وحجیجاً یوم القضاء ونوراً یوم الظلماء یوم لا أرض ولا سماء، یوم یجزى کل ساعٍ بما سعى، اللهم اجعله لنا ریاً یوم الظما وفوزاً یوم الجزاء من نار حامیة قلیلة البُقْیا على من بها اصطلى، وبحرها تلظى، اللهم اجعله لنا برهاناً على رؤوس الملاء یوم یجمع فیه اهل الأرض وأهل السماء، اللهم ارزقنا منازل الشهداء وعیش السعداء ومرافقة الأنبیاء.

إنک سمیع الدعاء."